Renksiz hücre ve hücrelerarası madde mikroskop altında inceleyebilmek amacıyla dokuları boyanması gereklidir.

 Kesilen ile dokulardan  parafinin uzaklaştırılması (deparafinizasyon) aşamasından sonra boyama aşamasına geçilmelidir.55C58C sıcaklığa sahip etüvde 15 dakika bekletilmeli ve parafinin dokunun içerisinden çıkartılarak lama daha iyi tutunması sağlanmalıdır.Ksilen öncelikle olmak koşulu ile  doku alçalan alkol serilerinden geçirilir ardından tercih edilen boyama türü Hematoxilen- Pap- Pas AB vb..uygulanır. Boyamada deparafinizasyonaşaması ,kullanılanboya kalitesi ve süreler boyamaya sonucunda ki en büyük etkendir.

Cihazlar içinde bulunan boyama kaplarının  kapasitesi, yazılım ve çalışma yapılarına bağlı olarak bir çok prosedürü içinde bulundurur ve bu prosedürler kullanıcı isteğine göre değiştirilebilir. Preparat  boyama işlemin bu prosedürlere göre uygular. Boyama sepetleri kullanılarak yapılan lam boyama işlemi ardından kapama sistemine geçilir.